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Software | Laboratorio Nacional de Supercomputo

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Software Libre

  • GROMACS 
    Es un paquete versátil para desarrollar operaciones moleculares dinámicas, como la simulación de las ecuaciones Newtonianas del movimiento de sistemas, con millones de partículas. Está diseñado para moléculas como proteínas, lípidos y ácidos nucleícos.
  • NAMD 
    NAMD es un software paralelo y orientado a objetos, diseñado para la simulación de sistemas biomoleculares de gran tamaño, con alto rendimiento.
  • DL_MESO 
    Es un paquete de simulación a nivel mesoscópico para modelado molecular y dinámica de fluidos.
  • DL_POLY 
    Es un software de propósito general para la simulación de la dinámica molecular, que puede ser ejecutado de manera paralela o en serie.
  • Quantum Expresso 
    Suite de código libre para el cálculo y modelado de estructuras electrónicas y materiales en nanoescala. Se basa en la teoría de densidad-funcional, onda plana y pseudopotenciales.
  • MBPP
  • DMACRYS 
    Paquete utilizado para el modelado de cristales de moléculas rígidas, lo que permite la minimización de energía reticular y el cálculo de propiedades derivadas.
  • ORCA
    Software de uso general enfocado a química cuántica con énfasis en las propiedades espectroscópicas de moléculas. Ofrece varios métodos como semiempíricos y métodos ab initio.
  • NwChem
    Herramienta para química computacional, escalable en su habilidad para resolver problemas eficientemente de manera paralela en HPC.
  • BLAST
  • ABINIT
  • GULP
  • PW
  • Maxima
    Sistema para la manipulación de sistemas algebraicos, expresiones numéricas, diferenciación, integración, series de Taylor, transformadas de Laplace, sistemas de ecuaciones lineales, polinomios, listas, vectores, matrices, etc. con máxima precisión. Soporta graficación en 2D y 3D.
  • SAGE
    Software matemático utilizado para resolver problemas de álgebra, combinatorias, métodos numéricos, teoría de números, cálculo, etc. Alternativa open source a Mathematica, MATLAB o Maple.
  • Gamess
  • LAPACK
    Software que provee rutinas para resolver sistemas simultáneos de ecuaciones lineales, problemas de eigenvalores y de valor singular. También se proveen métodos de factorización de matrices (LU, Cholesky, QR, SVD, Schur, etc)
  • PWscf
  • DDA
  • DDSCAT
    Código en FORTRAN para el cálculo de la absorción y dispersión de luz por partículas irregulares, y su organización periódica.

Software de desarrollo

Compiladores

Librerías

MPI

Lenguajes de programación

  • Fortran
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  • C++
  • Python
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  • Perl
  • TCL/TK